11h24 :
Pour faire l’interface d’ajout du fichier gal, j’ai voulu reprendre celle d’ajout du fichier gff.
celle-ci étant assez moyenne, j’ai donc décidé de la reprendre.
pour que ce soit cohérent avec l’interface finale de sganarrayl, il faut deja pensé a l’intégralité de l’interface.
Depuis la page d’accueil pour ajouter des puce, on pourra donc voir la liste des puces disponibles et aussi du fichier de définition des features utilisé.
on pourra depuis cette page aussi ajouter de nouveaux fichiers de puce et de feature.
l’ajout de feature va renvoyer sur la page add_gff.php
cette page propose un champ browse pour parcourir le disque local et ajouter un fichier.
l’envoie du formulaire va renvoyer sur la meme page.
cette fois ci, comme il y a un fichier uploader, ca va déclencher le script php.
celui-ci copie le fichier uploadé dans un répertoire spécifique.
il va aussi modifier la page pour faire apparaitre le nom du fichier traité et faire disparaitre le champs browse.
la page va aussi avoir un script javascript (add_gff.js).
celui-ci va se déclencher s’il y a un nom de fichier a traiter.
dans ce cas il va faire appelle au script add_gff.py pour traiter le fichier gff et renvoyer la réponse qui correspond au traitement et l’afficher.
add_gff.py parse le fichier gff à l’aide des du parser gff de parser_tools puis utilise la classe garden_state du module sganarrayl_interface pour se connecter à la base luce_la_puce et ajouter les feature par la méthode add_feature_data.
add_gff.py renvoie un fichier xml avec les balises ou selon le déroulement du code.
le script javascript va interpréter ce xml et afficher les messages correspondants dans une balise prévue a cette effet et ingénieusement intitulée gff
voici le flux de données
L’interface pour le fichier gff fonctionne bien maintenant et le code est propre.
passons au fichier gal
déroulement de la séquence.
l’utilisateur doit ajouter une puce dans la base.
il va alors aller sur la page add_gal.php.
il n’y a que 2 champs pour le moment.
le premier pour donner un nom à la puce.
le 2eme pour mettre le fichier gal qui contiendra les info sur les spots.
le nom de la puce sera celui utilisé par la suite pour faire référence à celle-ci.
le script va ensuite ajouter le nom de la puce dans la table array_chip_types s’il n’existe pas encore. s’il existe deja, l’ajout de la puce est refusé. par la suite il devra permettre la mise a jour de la puce.
ensuite il faut parcourir chaque spot, déterminer son type, vérifier dans la table array_spot_type si le type existe et sinon l’ajouter. on recherche ensuite dans les features de la table bank_orf qui ont la meme annotation que le spot.
si on trouve on garde la ref de la feature, sinon, la ref est nulle. on ajoute ensuite les info du spot dans la table array_spots, en ajoutant les liaisons vers les tables array_chip_types array_spot_type et bank_orf.
todo -> modifier sganarrayl_interface pour pouvoir sélectionner les id des orf ayant l’annotation du spot
