14h12 : Pour SganArrayl il va etre nécessaire de traiter les valeurs par des modules statistiques accessibles dans des package R.
comme je compte tout refaire en python, l’idéal serait d’interfacer avec R a partir de python.
il me faut donc un module pour ca.
une petite recherche de google donne déja un premier apercu de ce qu’il existe.
première piste
- RSPython : a voir, un commentaire semble dire que ce n’est pas simple
diponible ici http://www.omegahat.org/RSPython/index.html
Il n’y a pas vraiment d’autre module d’interface avec R. je vais essayer celui la.
au passage j’ai trouvé un document qui met en correspondance les fonction matlab, R et Python (NumPy). très pratique je pense. on le trouve ici : http://www.scribd.com/doc/26685/Matlab-Python-and-R
document.write(”);
var scribd_doc = new scribd.Document(26685, ‘ffe3v3jpfltbv’); scribd_doc.write(‘embedded_flash_26685_o9kh7′);
avec le document c’est encore mieux
————–edit du 25 mars 2008——————–
bon, j’ai pas mal galéré avec le module RSPython.
j’avais d’ailleurs trouvé un autre module, RPython (http://rpy.sourceforge.net/) mais pas vraiment plus simple a installer.
j’ai installé rpy très facilement sur douanierousseau / ubuntu feisty avec synaptic.
par contre j’ai essayé sur berthemorisot et ca a été beaucoup plus dur.
premier esssai sudo yum install rpy
ca semble s’installer mais bien sur quand je lance python et que j’importe le module rpy j’ai une erreur.
je télécharge le fichier source du module et décide de le compiler moi-meme, ce qui me permettra de l’installer dans python2.5 installer sur berthemorisot dans le répertoire tools de l’utilisateur gim.
dans le fichier d’instruction d’installation, il est précisé que R doit etre installé en librairies partagées. j’ai supposé que c’était le cas et j’ai essayé d’installé le package rpy mais ca n’a pas marché.
j’ai essayé de réinstallé R par yum mais ca n’a pas marché non plus.
j’ai essayé d’ajouter au pythonpath les répertoires ou se trouve rpy.
ca m’a permis de faire import rpy mais j’avais une erreur. impossible de trouver le module _rpy2041.so.
comme je l’ai sur ma machine, je le copie sur berthemorisot, mais ca ne marche pas, il faut qu’il soit compilé sur la machine ou il est installé.
je fini par télécharger la source de R, la réinstaller avec l’option qui va bien, ce qui se passe très bien sur centos.
puis je réinstalle rpy
j’ai encore qq erreur due aux chemin d’accès qui ne sont pas mis tout seul dans le pythonpath.
je rajoute les bons chemins et je modifie un peu rpy.py (voir ici).
au final ca marche sur python2.5, c cool.
tous les tests ne passent pas mais bon, on verra a l’usage.
j’ai réussi a m’en servir un peu qd meme. sur les fonction de base, pas de problème, l’interface est très simple.
je mettrais un tutorail en ligne dés que je commencerais a m’en servir vraiment.
