11h50 : lecture d’une partie du livre microarray bioinformatics (Steckel D.)
cette partie concerne les information minimale a récupérer pour pouvoir effectuer l’analyse d’une puce. je vais comparer ca avec la base de données crée hier (ici).
Le but de ce chapitre est de définir un certain nombre d’information permettant de reproduire n’importe quel expérience de puce dans n’importe quel labo.
–> c’est un peu différent de ce que j’imaginais.
il y a deux parties distinctes. la première décrit la puce en elle-meme et la seconde décrit l’expérience proprement dite.
3 termes sont définis :
-Feature : emplacement sur la puce contenant une séquence d’ADN, aussi appelé spot
-Reporter : séquence d’ADN sur la feature
-Composite sequence : gene ou séquence duquel dérive le reporter. il peut exister plusieurs reporter pour un même gène.
on trouve 7 types d’information :
1 – Informations liées à la puce :
- array design name : nom unique donné a la puce
- platform type: puce synthétisée in situ, spotted ou autre
- surface and coating specification : composition physique de la puce et description de toute derivatisation chimique sur sa surface
- physical dimensions of array : dimmension de la puce
- number of features on the array : nombre de feature total ainsi que sur x et sur y et tout autre détail sur les grilles de la puce
- availability: nom du fabriquant ou du fournisseur pour les puces commerciales et protocole de production pour les puces maisons
2- informations sur le type de reporter (pour chaque reporter) :
- type of the reporter: oligo-nucleotides synthetiques, produits PCR, plasmides, colonies, autre
- single or double stranded
3- informations sur le reporter (pour chaque reporter) :
- sequence or PCR primer information :
- sequence ou séquence de référence (i.e. oligonucleotides), si elle est connue
- sequence accession number dans DDBJ/EMBL/GenBank, s’il existe
- information sur les paires de primer, s’il y a lieu
- exact or approximate length of the sequence : taille de la séquence si elle est connue
- clone information : s’il y a lieu (clone ID, clone provider, date, availability)
- element generation protocol : informations suffisantes pour reproduire l’élement sur une puce maison
4- informations sur le type de feature (pour chaque feature) :
- dimensions : taille des features
- attachment : liaison covalente/ionique/autre. s’il s’agit d’un oligonucleotide, indique si la liaison pronvient du 5′ ou du 3′ de l’oligo
5- informations sur la feature (pour chaque feature) :
- Location on the array : coordonnées physique et logique
- which reporter : reporter présent sur la feature
6- information sur les composite sequence (pour chaque composite sequence) :
- which reporters it contains
- the reference sequence
- gene or EST names : nom des genes avec les liens vers les bases appropriées
7- références de la puce :
- position of the feature : coordonnées logiques
- control type : spiking, normalization, negative, positive
- control qualifier : endogene, exogene
–>finalement je perds un peu mon temps a reprendre ca, je finirais plus tard.
