17h34
les table reprennant les infos de la puce sont
array_chip_type
array_spot
array_spot_type
array_chip_type pourrait a mon avis contenir plus de choses. en gros toutes les infos globales sur une puces.
array_spot rassemble les infos liées aux spot de la puce
et array_spot_type regroupe les différents types de spots, pour l’instant je pense feature, control ou empty.
le type de la puce est SLRI-Yeast-Barcode-13k
les infos sont dans barcode12k_v2final.gal
comment doit se dérouler le programme :
1- récupérer le nom de la puce (et plus tard toute sa description)
2- ajouter ce nom dans le fichier array_chip_type
3- récupérer le fichier gal
4- le parser et pour chaque ligne
5- extraire le type (feature, spotting buffer ou empty)
6- ajouter le type dans la table s’il n’existe pas
7- extraite l’ID
8- eliminer les element en trop de l’ID
9- rechercher dans la base des feature si la feature existe et récupérer sont identifiant
10-ajouter ensuite la ligne dans array_spot en la liant au type de la puce, au type de spot qui va bien et à la feature qui va bien.
en reprennant le code pour introduire les données de features (ici) je me rend compte que le code est assez moyen, et surtout pas adapté a l’utilisation dans un cgi.
de plus il n’utilise pas le nouveau parser que j’ai créé.
donc je reprends tout, enfin en partie.
imaginons la structure de l’interface.
le plus simple, une page web avec un champ parcourir pour aller chercher le gff et un bouton valider
ca envoie la requete sur une page qui va traiter la requete.
cette page va récuperer le fichier et l’enregistrer dans un répertoire temporaire.
puis un objet loader va le tester pour savoir s’il existe bien, et ouvrir le filehandle
puis il va etre transmis au parser qui va vérifier le format (rajouter la fonction check dans le parser) et puis traiter toutes les données.
il faut ensuite une fonction pour ajouter ces données dans la base
il me faut alors une classe pour effectuer cette action.
ca va etre finalement une classe d’interface avec luce_la_puce.
cette classe pourrait s’appeler Garden_state qui traitera par une méthode appropriée l’objet de feature.
il me faut donc un loader.
c’est assez simple, le loader doit récupérer un nom de fichier
vérifier qu’il existye et l’ouvrir
récupérer le parser qui va le traiter
appliquer ce parser et renvoyer l’objet créér
class file_loader():
def __init__(self, **arg): filename = arg.get('filename', '') try : self.fhin = self._open_file(filename) except IOError, e : raise
def _open_file(self, filename): ''' fhin = x._open_file(filename) filename -> str fhin -> file open a file and return the filehandle ''' #test id the file exists and is a file if not isfile(filename) : raise IOError, "file %s doesn't exist" % filename #test if reading access is granted if not access(filename, R_OK) : raise IOError, "permission denied for file %s" % filename return open(filename, 'r')
def get_filehandle(self): try : return self.fhin except AttributeError : return None
def apply_parser(self, parser=None): try : if not parser: parser = self.parser except AttributeError : raise
return parser(file=self.fhin)
def set_parser(self, parser=None): self.parser = parser
peut-etre aussi faut’il rajouter le moyen de réouvrir le file handle et puis par la suite une méthode pour copier le fichier dans un autre emplacement.
ensuite il faut donc que je créé l’interface pour luce_la_puce Garden_state
